Den starka surheten i magsinnehållet gör magen en särskilt fientlig miljö för virus och bakterier. Endast en art, Helicobacter pylori, lyckas överleva stabilt och kolonisera den mänskliga magslemhinnan. För resten ökar de flesta av de intagade mikroorganismerna snabbt inom några minuter.
Flera in vitro-studier har visat att pH-värdet för en bred och effektiv bakteriedödande aktivitet måste vara särskilt låg. Specifikt dödar ett pH som är lika med eller mindre än 2, 0 alla bakterier; En liknande surhet föreligger emellertid endast i magen under fasta förhållanden, men efter måltid ökar närvaron av mat (det huvudsakliga fordonet med vilket bakterierna tränger in i magen) tillfälligt pH till värden på 4-5.
Det är också nödvändigt att överväga tidsfaktorn, eftersom ju lägre pH och mindre tid är nödvändiga för att erhålla en fullständig bakteriedödande verkan och vice versa. PH-värden över 3, 5 har emellertid en mycket låg bakteriedödande effekt, medan ett pH över 4 har en noll bakteriedödande effekt.
Nyligen vetenskapliga bevis visar hur baktericid aktivitet bestäms - förutom gastric acidity - också av pepsin (ett proteolytiskt enzym som är involverat i proteinförtunning). Viss antibiotisk aktivitet utövas också av vissa enzymer närvarande i magsaft, såsom defensiner och laktoferrin.
På mikrobiell front kan överlevnaden av de olika mikroorganismerna mot den baktericida aktiviteten hos magsaften gynnas av länken med vissa livsmedelskomponenter. Det har till exempel visat sig att virulensen av salmonella är klart överlägsen när den införs i matsmältningskanalen med proteinfoder (t.ex. ägg eller kött) som är förorenat.
Det är uppenbart att även användningen av antacida läkemedel eller protonpumpshämmare, vilket sänker gastrisk pH, främjar bakteriens överlevnad i magen. Dessutom ökar sannolikheten för att vissa mikroorganismer kommer att överleva, eftersom bakteriebelastningen (antalet bakterier som intagas) ökar också.
Problemet med toxiner och sporer måste också beaktas. Toxiner är ämnen som produceras av bakterier eller deras beståndsdelar, vilket kan skapa skador (matförgiftning) även när bakterien dödas genom magsyra. Sporer är istället vilande former där vissa bakterier återvänder när miljöförhållandena är ogynnsamma, endast för att reaktiveras så snart som omständigheterna tillåter det; Sporen av Clostridium difficile överskrider exempelvis magsyraintaget intakt och spjälkar sedan i magen.
Jämfört med bakterier har virus generellt en större chans att överleva den sura miljön i magen. Inte överraskande är virus som tillhör släktet Norovirus (Norwalk virus), Rotavirus, Astrovirus och Adenovirus ofta involverade i utseendet av smittsamma diarréformer (viral gastroenterit).
