Hos djur varierar aviär influensasymtomatologin både i förhållande till virusstammen som är involverad i infektionen och till de drabbade arterna. I synnerhet hos fåglar har infektionen en godartad kurs, om den orsakas av lågpatogena virus som hör till alla H-subtyperna ( LPAI - lågpatogen aviär influens ). Sjukdomen orsakad av LPAI-virus är lokaliserad och kännetecknas av respiratoriska och enteriska symptom, ofta förknippade med generell sjukdom, rivning och reproduktionsavvikelser hos husdjur (t.ex. äggförändringar och minskat äggläggning).
Däremot kan vissa virusstammar som hör till subtyperna H5 och H7 orsaka högpatogen aviär influensa ( HPAI - High pathogenic avian Influence ), en alltid systemisk och allvarlig sjukdom som är förknippad med hög mortalitet mellan vissa arter av vilda och tama fåglar. De mest uppenbara symptomen är i nervsystemet, med depression av den sensoriska, bakåtvända rotationen av huvudet och förlamning av vingarna.
