När den infekterade tsetsefloden biter människor, injicerar den transkutant de metacykliska tripomastigoter som finns i sina spottkörtlar. En gång i värden kommer parasiterna in i lymfsystemet och blodet där de omvandlas till cirkulerande tripomastigoter och börjar en oavbruten reproduktionsaktivitet genom binär skissning (hemolymfatisk scen).
Parasitemi är periodisk: stunder där den är förhöjd alternativ med andra där den abrupt reduceras på grund av produktionen av specifika antikroppar av den infekterade organismen. En grupp av parasiter kan emellertid genom att modifiera ytglykoproteinerna undvika antikroppssvaret. Därför upprepas multiplikations- och lyscykeln.
Senare under infektionen invaderar trypanosomer lymfkörtlarna, mjälten, leveren och många andra organ. Döden kan inträffa några dagar efter involvering av centrala nervsystemet ( meningo-encephalitic stadium ).
Cykeln bibehålls när en tsetse flyger intar blod från en smittad man eller ett djur. I vektorn multiplicerar protozoan i tarmarna innan de migrerar in i insekts spytkörtlar. Tse-tse-flygen kan överföra infektionen till ett annat däggdjur eller till människor med ett nytt sting om minst 20-30 dagar har gått sedan det blev smittat.
