Kaffefrön, under industriell bearbetning, kan också användas för framställning av koffeinfritt kaffe. Denna process, kallad koffeinering, äger rum när fröerna fortfarande är gröna och inte efter rostning. Många metoder kan användas för att ta bort koffein från kaffe, men alla inkluderar nedsänkning av gröna frön i varmt vatten (en process som kallas schweizisk vattenprocess) eller ånga; Vid denna tidpunkt tillsättes lösningsmedel som löser upp och separerar oljorna innehållande koffein från fröerna. Avaffeinering tillämpas ofta av kaffeprocessorer som, som en inkomstkälla, säljer koffein till läkemedelsföretag.
