Ett antigen är en molekyl som är känd som utländsk eller potentiellt farlig av en organisms immunförsvar, som bekämpar den genom antikroppar. De flesta antigenerna kan producera ett specifikt immunsvar, som syftar till att avlägsnas och koordineras av T- och B-lymfocyterna (samma celler som är ansvariga för deras erkännande).
Antigenicitet är antigenets förmåga att kombinera specifikt med antikroppar och receptorer som är specifika för det (receptorerna för antigenet närvarande på T- och B-celler); immunogenitet eller "immunogen" effekt, istället speglar antigenets förmåga att inducera ett immunsvar (medierat av T- och B-celler). Därför är varje immunogen molekyl också antigenisk, men inte alla antigener är immunogena.
Antigener kan klassificeras som endogena eller exogena, beroende på om de har ursprungs ursprung eller är främmande för organismen. Den senare tränger in i kroppen i form av bakterier, virus, kemikalier, pollen, etc. och är fagocyterade (ätas och smälts) av lämpliga celler (makrofager, monocyter och neutrofila granulocyter). Vissa rester av matsmältningsförfarandet presenteras på fagmembranets cellmembran (klass II MHC) och igenkänns av T-hjälparlymfocyter, vilka utsöndrar cytokiner genom att stimulera proliferationen av aktiverade B-lymfocyter, makrofager och andra partiklar. De endogena antigenerna, som är inrymda i cellerna, bearbetas och exponeras också på cellytan (klass I MHC); här är de igenkända av cytotoxiska T-lymfocyter, vilka frisätter substanser som kan döda den infekterade cellen genom lys eller apoptos (självmord).
Normalt tillåter immunsystemet inte att antikroppar syntetiseras mot sina egna molekyler (själv); denna kontroll är inte särskilt effektiv i autoimmuna sjukdomar, där direkta immunreaktioner upprättas mot celler i kroppen, erkänd och identifierad som om de var farliga externa medel.
Vanligtvis är antigener proteiska eller polysackaridiska, men även enklare element (metaller, DNA-fragment, etc.) kan bli antigena och immunogena genom att kombinera med organismens egna proteiner och modifiera dem.
