Patogenesen undersöker utvecklingen av en sjukdom och den kedja av händelser som är associerade med den, vilken steg för steg bestämmer morfofunktionella förändringar av cellerna och vävnaderna som hör till de drabbade organen. Dessa förändringar kan orsakas av kemiska, fysiska eller biologiska medel (virus, bakterier etc.).
Medan etiologin definierar orsakerna, undersöker patogenesen dess konsekvenser.
Vid läsning av medicinska texter kan vi därför komma över dem på följande sätt: mikrobiell patogenes, inflammatorisk patogenes, viral patogenes, malign patogenes (tendens till en sjukdom, allmänt tumör, fördjupas gradvis för att bli potentiellt dödlig). Många sjukdomar känner igen olika kausalfaktorer (multifaktoriell etiologi) och ännu fler är de som karakteriseras av olika evolutionära mekanismer (multipel patogenes).
