Marburg-virusets exakta ursprung är fortfarande okänt. För närvarande antas det att den sjukdom som den är ansvarig för kan vara en zoonos, som upprätthålls av ett eller flera infödda djur på den afrikanska kontinenten. Den undersökta undersökningen har dock inte gjort det möjligt att identifiera sjukdomens naturliga reservoar, även om många ryggradsdjur och leddjur har analyserats.
Enligt Världshälsoorganisationen är människor inte en del av virusens naturliga cykel, så smittet kommer i grund och botten att komma från tillfällig kontakt med en annan infekterad primat. Faktum är att överföring genom vissa arter av apor har dokumenterats, troligen fungerat som "förstärkande värdar" för Marburg-viruset. Vidare antyder vissa bevis att primater i sin tur kan infekteras genom exponering för fladdermus .
