I resenärerna kan bakteriefloran som vanligtvis förekommer i tarmkanalen genomgå snabb förändring, som kommer i kontakt med "okända" bakterier som försöker kolonisera det. Den första orsaken till resenärens diarré är faktiskt representerad av patogena ämnen som bakterier, virus och parasiter, som kan övervinna hindren för försvar och infektera vår organism. Andra faktorer kan dock öka risken för att uppleva resenärens diarré.
Resenärens diarré kan uppstå på grund av förändringen i klimat och temperatur, stressen på resan och den olika kosten. Vanligtvis är det mer sannolikt att kontrakta denna sjukdom i fuktiga miljöer, kännetecknad av dåliga hygienförhållanden. Under vistelsen i de områden som är störst risk måste lämpliga försiktighetsåtgärder vidtagas vid förbrukning av vatten, drycker och livsmedel som kan vara förorenade. Vidare kan flugor fungera som passiva vektorer av smittämnen, som tar dem från en mat till en annan. OBS också att bada och inte använda kranvatten, inte ens att borsta tänderna. Även egenskapen hos resenären är avgörande, såsom ålder och tidigare patologiska förhållanden. Speciellt är de som är immunundertryckta eller på terapi med droger som minskar magsyra (t.ex. ranitidin, omeprazol etc.) mer utsatta för risken för att infektera infektioner av denna typ.
