Även om det idag kan tyckas uppenbart är det uppenbart att årtusenden har ignorerat det faktum att mikroskopiska organismer orsakade vissa sjukdomar.
Fram till 1600 betraktades den så kallade teorin om spontan generation som giltig, enligt vilken vissa organismer kan spontant genereras från icke levande materia. Det klassiska exemplet är det för larverna, som tros kunna genereras från ingenting i ett stycke sönderdelat kött.
Den första som invaliderade denna teori var Francesco Redi, personlig läkare till storhertigen i Toscana. Redi lägger två bitar färskt kött i två separata behållare, lämnar den första öppna och skyddar den andra från flugor med en näthinna. Efter några dagar märkte han att endast den öppna behållaren krypade med larver. Redi visade därför att larverna inte genereras från något annat än härrör från ägg som läggs av flugor.
Förekomsten av mikroorganismer började bara prata under 1700-talet tack vare studierna av Modenese Lazzaro Spallanzani, som först utbildade och introducerade termen "bakterie" i medicinsk litteratur. Upptäckten av bakterier tillskrivs emellertid Antony Leeuwenhoek (1632-1723), en textilhandlare med passion för mikroskop.
Leeuwenhoek observerade hur man, efter att ha borstat tänderna, var "levande varelser" närvarande i tartarfångarna. Denna upptäckt möjliggjordes genom optimering av det optiska mikroskopet, som Leeuwenhoek själv byggt, och som därefter förbättrats ytterligare.
Tillkomsten av det moderna mikroskopet öppnade dock nya frågor om teorin om spontan generation. Från de första observationerna verkade det faktiskt att den enkla exponeringen för luft av en organisk substans ledde på kort tid till utvecklingen av bakterier på dess yta.
Den franska biologen Louis Pasteur ingripit för att förneka hypotesen om spontan mikrobiell generation. Pasteur kokade någon buljong i en långhalsad glasflaska, utrustad med en speciell S-formad näbb för att förhindra att damm (och bakterier i det) kommer in. Pasteur observerade att, tack vare dessa enheter, genererades inga bakterier i buljongen och därför genereras inte bakterierna spontant.
