Fekalets pH är normalt neutralt eller något alkaliskt (6, 8 - 7, 5). Mer sura avföring, fysiologiska endast hos nyfödda, kan indikera intestinala infektioner (Escherichia coli, Rotavirus) eller matsmältningsstörningar, såsom laktos eller fettintolerans (steatorrhea från bukspottskörtelns insufficiens eller gallstasis).
Om avföringens pH tenderar att öka i närvaro av putrefaktiv dysbios tenderar den att gå ner i närvaro av fermentativ dysbios, vars ursprungsorsaker återfinns vid överdriven intag av kolhydrater eller vid en dålig absorption av samma . Även i närvaro av rikligt lipidintag, i vegetariska dieter och långvarig fastning blir fekalets pH sur.
För att undvika att resultaten av undersökningen förvrängs får fekaliteten inte förorenas med urin och måste kylas snabbt för att förhindra att ammoniak i urin och putrefaktiva bakterier gör alkaliska pH-värden alkaliska.